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淺析測序過程中的污染源頭及控制方法

一、樣本污染:此類污染對實驗影響極大,應極力避免。

如樣本為純菌,建議重新培養,挑單菌落,剔除雜菌。

如為宏基因組樣本,建議采樣時無菌操作,且采樣時同批采取陰性對照樣本。

二、實驗污染:

實驗過程中由于氣溶膠、槍頭污染等原因造成的同批次樣本間的交叉污染。對于病原檢測類實驗影響較大,應極力避免。

此類污染較易發生于PCR區或自動化工作站區域。

三、環境污染

此類污染指由實驗試劑或實驗室空氣引入的核酸污染。由于目前的測序試劑并非嚴格的無菌試劑,因此會引入微量的污染序列。此外,實驗室環境 或者 操作人員也會引入污染序列,如人源序列、口腔菌群。由于各實驗室環境和使用的試劑種類不同,各實驗室環境污染菌群具有一定差異。此類污染目前難以完全避免,但應通過設置同批次陰性對照樣本予以控制,避免造成假陽性結果。

四、測序污染

同批上機的樣本間由于index hopping造成的交叉污染,即由于index錯分,将原本應劃分為A樣本的序列錯誤的分到了B樣本上。

不同測序儀index hopping的比例不同。

原則上,雙index發生index hopping的比例遠低于單index,因此測序過程應盡量采取雙index的方式建庫。

此外,對于微量比對序列,後續分析過程應再次予以确認,排除是否由于同批次index hopping原因造成的假陽性。


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