在進行蛋白研究時,有時候知道蛋白的序列,但不知道這個蛋白的序列具體對應的是哪個蛋白或者需要研究蛋白序列的相似性,所以需要進行比對。關于蛋白序列的比對有兩種方法。在NCBI上可以進行蛋白的比對,也可以用 上對相關信息進行比對。
“
NCBI蛋白序列比對
”
打開NCBI的網址:, 點擊頁面上的“blast”。
打開頁面後可以看到有四個選項, Blast,,以及 Blast, Blast是輸入堿基序列,堿基序列和數據庫中的核酸序列進行比對;是輸入核酸序列,核酸序列經翻譯成蛋白質後與蛋白質數據庫中的序列進行比對;使用蛋白序列在由核酸翻譯的數據庫中查詢相似的序列; Blast是輸入氨基酸序列,氨基酸序列和數據庫中的蛋白序列進行比對。因為需要利用氨基酸序列确定是哪種蛋白,所以,點擊“ Blast”。
點擊後進入此頁面。
将氨基酸序列輸入序列框,進行blast,出現下圖頁面
往下拉,可以看到相關描述,點擊方框中的内容可直接看到具體的分析匹配信息。
點擊方框内容後可看到下圖中的内容。
“
蛋白比對
”
打開的網址: ,點擊頁面上的“blast”。
跟NCBI不同的是,的blast是将蛋白或核酸的序列和蛋白序列數據庫進行比對,尋找相似蛋白序列,無法像NCBI一樣進行交叉比對。
點擊後進入此頁面,填好選擇好後點擊“Run Blast”。
出現如下頁面可以看到相關比對信息,可以看到分析相關信息。
點擊“View ”可以看到相關下圖中的内容。
可以看到,不匹配的氨基酸會以空白顯示。
序列比對是非常有用的功能,使用序列比對,可以對未知蛋白進行溯源、比對蛋白之間的同源性、查詢蛋白保守區域等。上述兩個網站是最常用的蛋白序列在線比對工具,能夠讓我們随時随地分析蛋白的序列信息。
有話要說...