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circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

今年以來,國内環狀RNA(circRNA)的研究熱潮不斷升溫,越來越多的circRNA如春筍般湧現出來。由于circRNA的結構特殊性,如何采用定量PCR技術對circRNA平行驗證成為當下一個熱點問題。今天,小編邀請技術部的劉建甯老師繼續為大家實例講解circRNA的引物設計。由于内容豐富,circRNA的引物設計将分上下兩篇呈現給大家。

言歸正傳,我們以環狀RNA數據庫circbase(http://circbase.org/)中收錄的hsa_circ_0063162為例,為小夥伴詳細介紹從circRNA序列獲取到引物設計的全過程。馬上動手試試吧!

CircRNA信息查找

首先訪問circbase數據庫(http://circbase.org/),如下圖所示。
circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

在Search上方的框中輸入:hsa_circ_0063162,點擊Search進行查找,查找結果如下圖示。

circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

CircRNA序列下載

3.點擊position (genome browser link)

項目下的“chr22:36889679-36889850”,操作界面會跳轉至UCSC數據庫,界面如下圖所示。

circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

4.點擊界面左方

has_circ_0063162

has_circ_0063163

按鈕,會打開新的界面,如下圖所示。

circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

5.點擊View DNA for this teature(hg19/Human)按鈕,進入序列下載界面,如下圖所示。
circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

6.按照默認參數,點擊get DNA按鈕獲取序列,進入界面如下圖所示。

circbase數據庫環狀RNA序列獲取方法 | 環狀RNA社區

7.将序列複制粘貼至記事本(.txt)中即獲取了所需的circRNA序列信息。小夥伴你會了嗎?試試獲取其他的circRNA序列吧!

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