當前位置：首頁 > 科技 > 正文

使用clusterProfiler進行GO富集分析

clusterProfiler是一個功能強大的R包，同時支持GO和KEGG的富集分析，而且可視化功能非常的優秀，本章主要介紹利用這個R包來進行Gene Ontology的富集分析。

進行GO分析時，需要考慮的一個基礎因素就是基因的GO注釋信息從何處獲取。Bioconductor上提供了以下19個物種的Org類型的包，包含了這些物種的GO注釋信息

packages organism
org.Ag.eg.db Anopheles
org.At.tair.db Arabidopsis
org.Bt.eg.db Bovine
org.Ce.eg.db Worm
org.Cf.eg.db Canine
org.Dm.eg.db Fly
org.Dr.eg.db Zebrafish
org.EcK12.eg.db E coli strain K12
org.EcSakai.eg.db E coli strain Sakai
org.Gg.eg.db Chicken
org.Hs.eg.db Human
org.Mm.eg.db Mouse
org.Mmu.eg.db Rhesus
org.Pf.plasmo.db Malaria
org.Pt.eg.db Chimp
org.Rn.eg.db Rat
org.Sc.sgd.db Yeast
org.Ss.eg.db Pig
org.Xl.eg.db Xenopus

clusterProfiler在做GO分析時，會讀取這些包中的GO信息，從這裡也可以看出，Bioconductor的生态體系，不同R包的數據傳遞和依賴組成了其生态環境。

對于以上19個物種，隻需要安裝對應的org包，clusterProfile就會自動從中獲取GO注釋信息，我們隻需要差異基因的列表就可以了，使用起來非常方便。

在進行富集分析時，支持以下兩種算法

1. Over-Representation Analysis

過表達分析其實就是費舍爾精确檢驗，對于以上19個物種，分析的代碼如下

ego <- enrichGO( gene = gene, keyType = "ENTREZID", OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "CC", pAdjustMethod = "BH", pvalueCutoff = 0.01, qvalueCutoff = 0.05, readable = TRUE)

gene就是差異基因對應的向量，keyType指定基因ID的類型，默認為ENTREZID, 該參數的取值可以參考keytypes(org.Hs.eg.db)的結果， 建議采用ENTREZID, OrgDb指定該物種對應的org包的名字，ont代表GO的3大類别，BP, CC, MF; pAdjustMethod指定多重假設檢驗矯正的方法，cufoff指定對應的阈值，readable=TRUE代表将基因ID轉換為gene symbol。

2. Gene Set Enrichment Analysis

ego <- gseGO( geneList = geneList, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "CC", nPerm = 1000, minGSSize = 100, maxGSSize = 500, pvalueCutoff = 0.05, verbose = FALSE)

GSEA分析通過置換檢驗來計算p值，nPerm指定置換次數。

對于這19個物種之外的其他物種，也支持讀取基因的GO注釋文件，然後進行分析，注釋文件的格式如下

GeneId GO Description
1 GO:0005819 spindle
2 GO:0072686 mitotic spindle
3 GO:0000776 kinetochore

隻需要3列信息即可，第一列為geneID, 第二列為基因對應的GO編号，第三列為GO的描述信息。這3列的順序是無所謂的， 隻要包含這3種信息就可以了。
讀取該文件，進行分析的代碼如下

data <- read.table( "go_annotation.txt", header = T, sep = "\t") go2gene <- data[, c(2, 1)] go2name <- data[, c(2, 3)] # 費舍爾精确檢驗 x <- enricher( gene, TERM2GENE = go2gene, TERM2NAME = go2name) # GSEA富集分析 x <- GSEA( gene, TERM2GENE = go2gene, TERM2NAME = go2name)

對于GO富集分析的結果，clusterProfiler提供了以下幾種可視化策略

1. barplot

用散點圖展示富集到的GO terms,用法如下

barplot(ego, showCategory = 10)

生成的圖片如下

橫軸為該GO term下的差異基因個數，縱軸為富集到的GO Terms的描述信息， showCategory指定展示的GO Terms的個數，默認展示顯著富集的top10個，即p.adjust最小的10個。注意的顔色對應p.adjust值，從小到大，對應藍色到紅色。

2. dotplot

用散點圖展示富集到的GO terms,用法如下

dotplot(ego, showCategory = 10)

生成的圖片如下

橫軸為GeneRatio, 代表該GO term下的差異基因個數占差異基因總數的比例，縱軸為富集到的GO Terms的描述信息， showCategory指定展示的GO Terms的個數，默認展示顯著富集的top10個，即p.adjust最小的10個。

圖中點的顔色對應p.adjust的值，從小到大，對應藍色到紅色，大小對應該GO terms下的差異基因個數，個數越多，點越大。

3. GO有向無環圖

調用topGO來實現GO有向無環圖的繪制，代碼如下

plotGOgraph(ego)

生成的圖片如下


矩形代表富集到的top10個GO terms, 顔色從黃色過濾到紅色，對應p值從大到小。

4. goplot

和plotGOgraph展示的信息一樣，都是GO有向無環圖，隻不過采用了igraph中的布局方式，用法如下

goplot(ego)

生成的圖片如下

5. emapplot

對于富集到的GO terms之間的基因重疊關系進行展示，如果兩個GO terms系的差異基因存在重疊，說明這兩個節點存在overlap關系，在圖中用線條連接起來，用法如下

emapplot(ego, showCategory = 30)

生成的圖片如下

每個節點是一個富集到的GO term, 默認畫top30個富集到的GO terms, 節點大小對應該GO terms下富集到的差異基因個數，節點的顔色對應p.adjust的值，從小到大，對應藍色到紅色。

6. cnetplot

對于基因和富集的GO terms之間的對應關系進行展示，如果一個基因位于一個GO Terms下，則将該基因與GO連線，用法如下

cnetplot(ego, showCategory = 5)

生成的圖片如下

圖中灰色的點代表基因，黃色的點代表富集到的GO terms, 默認畫top5富集到的GO terms, GO 節點的大小對應富集到的基因個數。

更多用法和細節請參考官方文檔。

·end·

你可能想看：

第6講 Vision Pro視覺工具 CogFindCircleTool

找圓工具與卡尺工具算是用得比較多的工具了。今天介紹的是康耐視的找圓工具CogFindCircleTool。CogFindCircleTool工具用來查找圖像中的圓,首先用卡尺工具定位圓的邊界點,然後将...

Imperial Blue威士忌是一種什麼樣的酒？品鑒Imperial Blue威士忌

是印度最受歡迎和标志性的威士忌品牌之一，它融合了進口蘇格蘭威士忌和精緻的印度谷物烈酒。并在市場上取得了令人矚目的進展。迅速成為該領域的領先威士忌品牌之一，該品牌不僅是最着名的印度威士忌品牌之一，使其成...

SpringBoot報錯 Error parsing HTTP request header

Note:Note:at org.apache.coyote.http11.AbstractNioInputBuffer.parseRequestLine(AbstractNioInputBuffer...

R語言ggplot2畫圖-Pathway富集分析氣泡圖

# 設置工作路徑到數據存放的文件夾下,header=T,pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3，high="red") + labs(color=expre...

圖解蒸氣噴射式制冷原理（Steam Jet System）

1、蒸氣噴射器原理，蒸氣噴射式制冷是以噴射器代替壓縮機，利用工質在低壓下氣化吸熱實現制冷，2、蒸氣噴射式制冷，蒸氣噴射式制冷的工質可以是水，目前在空調工程中多采用以水為工質的蒸汽噴射式制冷裝置，簡稱為...

VBA遍曆所有文件夾的兩種方法（filesearch和FileSystemObject）

另外一種是使用FileSystemObject(windows文件管理工具)和遞歸方法。

iPhone 7s Plus主闆曝光：重磅功能确認！

在曝光了疑似iPhone 7s Plus主闆以及A11處理器的諜照之後，@GeekBar創始人磊哥今天又公布了iPhone 7s Plus主闆的高清解析圖。相比iPhone 7 Plus來說雖然布局變...

iPhone6plus無觸摸維修案例

iPhone6P無觸摸通病為黑觸摸M1腳斷線導緻，接手闆子後直接拆了黑觸摸，觀察M1腳沒有明顯斷線，裝上黑觸摸，故障依舊。測量發現L2401已經損壞，以為就此故障排除，試機故障依舊。拆下來準備重新焊接...

這篇心得，值得所有學習mastercam編程的人一看！

5、學CAM部分還要有一定的切削知識和加工經驗（包普通機床加工經驗），Mastercam編程的特色是快捷、方便。可用曲線融接的方法迅速搞定，隻要先将加工零件的輪廓邊現、台階線、孔、槽位線等等，2、由于...

第7講 Vision Pro視覺工具 CogCaliperTool

緻力于為學習ABB機器人與機器視覺的同道中人提供個人的經驗，前面一講介紹了康耐視visionPro視覺工具中的找圓工具CogFindCircleTool,經過前面的學習咱們現在應該能輕松的找到一張圖像...

無需注冊，免費使用，用它來傳1G文件隻要1分鐘｜MuseTransfer

MuseTransfer是一款無需注冊、打開網頁即可免費使用的大文件傳輸工具。上傳好的文件默認保留一周，微信登錄之後可以查看傳輸曆史，MuseTransfer可以作為無需長期儲存的臨時大文件雲端工具來...

google docs https打不開？？？

在hosts裡添加Google Docs的解析IP直接繞過DNS查詢。用記事本打開hosts文件，下面這些内容添加到hosts文件的頂部。在hosts文件裡加入Gmail的IP即可我将提供有https...

工具｜聊一聊記賬從「錢迹」轉移至 Google sheets 的心曆路程

但我印象中第一次接觸記賬還真的是用小本本來——這就要說起八年前廣東那個風雨交加的夜晚了......當時在那邊做暑假工？對于軟件記賬來說就完全沒有以上劣勢，我會比較偏愛獨立開發者做出的産品，這就涉及到了...

python中使用argparse.add_argument_group() 對命令行參數進行概念性分組

parser.add_argument('name':parser.add_argument('--bar_that')，parser.add_argument('--foo_that')。parse...

A book review of Robinson Crusoe

I am sure you will fall in love with it.

成人still病的臨床特點是什麼 介紹成人still氏病的主要症狀

成人still氏病的發生與免疫紊亂、感染、遺傳、精神因素、變态反應等有關，成人still氏病的症狀主要有發熱、皮疹、關節腫痛，該病是介于風濕熱和類風濕性關節炎之間的一種變應性疾病，成人Still病最早...

互助問答第5期：Stata中系統GMM模型的穩健性檢驗和Stata命令等

Stata中系統GMM模型的穩健性檢驗和Stata命令 答：一種是計量數據的穩健性檢驗。前者通常适用于所使用的計量方法比較新穎的研究，可用GMM進行穩健性檢驗（因為GMM不需要滿足經典計量假設）。生成...

光電|獲DARPA支持，以色列Tower半導體公司将研發光電集成代工工藝，實現矽上集成激光器

研發可制造矽上集成激光器的光電代工工藝。Tower公司主要提供高價值模拟半導體代工服務。在矽上集成激光器的好處包括增加激光器的密度、減少激光器和光電子器件之間的耦合損耗、減少所需器件及極大簡化封裝方案...

水彩之光：美國水彩藝術家 Iain Stewart 繪畫作品

來自美國水彩藝術家 Iain Stewart，是一位擅長捕捉光的水彩畫家，從第一筆開始，對光感的表達就一直存在，這種表達方式并不是那種如實的表現，而是一種視覺的記憶感悟...美國水彩藝術家 Iain ...

什麼是真正的STEAM教育？

STEAM是一種重實踐的超學科教育概念。所以單一技能的運用已經無法支撐未來人才的發展，從而探索出STEAM教育理念。鼓勵孩子在科學、技術、工程和數學領域的發展和提高，幫助孩子們學習數學、科學的教育科技...

中文漢化版-紅巨人特效合成摳像平面跟蹤AE/PR插件Red Giant VFX Suite 1.5.0 Win/Mac 含注冊碼

Red Giant VFX Suite 1.5.0是一套由Red Giant公司出品的特效合成摳像平面跟蹤插件，VFX Suite 1.5.0更新支持Adobe AE 2020和PR 2020.該套件...

VMware16Pro永久激活key密鑰親測可用

一般來說VMware Workstation這類軟件發布的時候都會有批量授權的密鑰流出，使用這種密鑰激活後的版本不是評估而是永不過期。因此使用這種永不過期的永久密鑰激活是最好的方式，相比網上流傳的注冊...

Excel函數之——SUMPRODUCT函數太強大了

先介紹下SUMPRODUCT函數的基本用法,[array3]，該函數可以有多個參數。每個參數都必須是有相同維度的數組：以下是單條件計數:在使用N()函數“将N()返回的數組中的所有元素，所以就不在需要...

SUMPRODUCT函數自稱求和之王，SUMIFS不服氣要來PK

=SUMIFS(E,$B$12=G2)*($C$2。隻能用LEFT從左邊提取字符:$B$12=G2)*(LEFT($C$2。=SUMIFS(E:=SUMPRODUCT($E$2，$B$12=G2)*I...

proe中意外拭除了所有版本的問題

每次打開關閉proe都會在工作目錄下産生一個軌迹文件，根據打開關閉的次數順序生成相應的軌迹文件（trail.txt.*）。裝好proe後最好設置一個永久的工作目錄，在每次打開時好像都會默認桌面為工作目...

基礎1 Vision Pro視覺工具

可以檢測和定位圖像中某一灰度範圍内的形狀未知的特征,可以為我們得到圖像某一特征是否存在、數量、位置、形狀、方向等信息,也可以利用 Blob分析來發現圖像中不同特征之間的拓撲關系,CogCaliperT...

第5講 Vision Pro視覺工具 CogFixture

是為了在我們找到的圖像特征上建立一個固定的坐标系，如果沒有這個工具我們的圖像識别還能找到想找到的位置嗎？固定工具用來在您已經計算了一個坐标轉換時創建一個固定坐标系統-在我們所舉的範例中,我們已經找到了...

GO基因信息=差異基因

上一篇
西北大環線自駕遊，如何規劃行程？

下一篇
電腦壞了怎麼維修？哪裡可以學電腦維修技術？

有話要說...

最新文章

取消
掃碼支持 支付碼