花10分鐘學一項技能 ImageJ 圖像分析
ImageJ是一個基于java的公共的圖像處理軟件，它是由National Institutes of Health開發的。可運行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多種平台。其基于java的特點， 使得它編寫的程序能以applet等方式分發。
概括一下，主要分為以下幾個方面：
A.圖像的區域和像素統計（大小）。長度，角度， 陽性點密度和數量
B.光密度或灰度，并制備密度直方圖和線性圖。
C.兩種蛋白共定位的程度
D.卷積，Sholl 分析，傅裡葉分析
E.更多功能
界面分為：菜單欄，工具欄和狀态欄。
菜單欄：從左至右分别是：文件，編輯，圖形，處理，分析，插件，窗口，幫助。
工具欄：從左至右分别是 4種區域選擇工具，直線選擇工具，角度工具，點工具，魔棒，文字，放大鏡，拖手，顔色吸管，動作宏，菜單宏，繪圖工具等（顔色吸管以後的内容可以變化），通過點擊最右邊的>>按鈕選擇需要的欄目。
取消（Undo）：Edit →Undo， 恢複到前一步，不過隻能回退一步，這點和photoshop操作是一樣的
恢複（Revert）：File →Revert，恢複到上次保存後的狀态。
裁剪（Crop）：Image →Crop. 方框選擇工具選好區域後進行裁剪。
清除界外（Clear Outside）：Edit →Clear Outside.将選擇區域以外圖形清除。相類似Edit→Clear是清除選擇區域内部。
改變亮度對比度（Brightness and Contrast）：Image →Adjust →Brightness/Contrast， 類似于photoshop裡的操作。可以是圖形的明暗對比更明顯或更模糊。 （Process →Enhance Contrast.這個選項是自動改變對比度，小心使用）
清除噪點：Process →Noise →Despeckle 或者Process →Filters →Median 此外，Process →Noise 選項裡面還有添加噪點的選項。
旋轉：Image →Transform→Rotate
轉化成灰度圖：Image →Type →8-bit （8位），或16-bit（16位）
阈值（Thresholding）：假設要計算組織或細胞HE染色圖片的細胞數量，可以根據細胞核的數目來确定。操作為：Image →Type →8-bit；Image →Adjust →Threshold；通過拖動标杆來設置具體值，最後選擇apply。還可自動設置阈值：Process →Binary →Make Binary。
保存文件：存成Tiff的要比jpeg的畫質損失要少(File →Save As →Tiff)。
好課推薦
Image J圖像處理軟件入門及應用實操
有圖像分析需求的醫學科研人員，乃至零基礎人員均适合。
楊春濤
廣州醫科大學 副教授 碩導
研究方向：主要從事含硫化合物與疾病相關的研究
主持國家自然科學基金和廣東省科技計劃項目基金，并參與多項國家及省級課題的研究。曾在《ACS Chem Biol》、《Plos One》、《Cell Physiol Biochem》、《Mol Cells》、《Mol Cell Biochem》、《Clin Exp Pharmacol Physiol》以及多種國内核心期刊發表論文數十篇。
第一節 軟件的下載與安裝
第二節 圖片的導入與編輯
第三節 常用功能的展示（上）
①Western blot蛋白條帶分析
②陽性細胞基數
③感興趣區域的計算（長度、面積、灰度等）
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