IMvigor210CoreBiologies包安裝指北
希望所有的學徒，實習生，學員都能在生信技能樹的舞台上綻放自己的光彩！
下面是第9期學員的随機投稿 2018年的Nature上公開了一份尿路上皮癌(BLCA)的免疫治療隊列數據，而這份數據就儲存在IMvigor210CoreBiologies包中。由于免疫治療隊列數據過于稀缺，很多文章便使用了該隊列數據進行驗證。但是在安裝該包的過程中，筆者遇到了一點小問題，今天根據筆者自己在安裝過程中遇到的問題，寫下這一份安裝小教程。
官網教程
官網鍊接：http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/
第一步 source("http://bioconductor.org/biocLite.R")##錯誤:WithRversion3.5orgreater,installBioconductorpackagesusingBiocManager;
#seehttps://bioconductor.org/install
第二步 biocLite(c("biomaRt","circlize","ComplexHeatmap","corrplot","DESeq2","dplyr","DT","edgeR","ggplot2","limma","lsmeans","reshape2","spatstat","survival","plyr"))
第三步 install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
tips：
-
第一步就遇到了問題，筆者嘗試了了安裝Bioconductor包繼續下一步操作，但是無奈由于各種報錯，不得不放棄。所以我選擇了下載IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz文件進行本地安裝。(http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/)
-
在本地安裝過程中，筆者又出現了依賴包問題。根據官網的介紹我們需要的DESeq2作為依賴包。但是!!!實際安裝過程中，真正需要的是DESeq包。以下為報錯信息：
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
##錯誤，缺少“DESeq”依賴包(由于筆者已經安裝成功，無法正确顯示包錯信息，請大家諒解)
當時，筆者秉着缺啥補啥的心理，那我們就安裝一下DESeq包嘛。但是，他又報錯了。。。。
install.packages('DESeq')
#Warningininstall.packages:
#package'DESeq’isnotavailableforthisversionofR
#AversionofthispackageforyourversionofRmightbeavailableelsewhere,
#seetheideasat
#https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
後來經過筆者的不斷嘗試最終安裝成功，下面為大家帶來小教程。。。。。
- 進入Bioconductor官網下載DESeq安裝包
官網地址：http://bioconductor.org/
- 搜索DESeq
可以看到有很多種版本的DESeq包版本，根據筆者的經驗，下載__1.38.0版本即可。教程到這，如果可以成功安裝DESeq就可以結束，但是，筆者又出下了以下報錯。我要哭了。。。
install.packages("DESeq_1.38.0.tar.gz",repos=NULL)#Warninginsystem(cmd):'make'notfound
#ERROR:compilationfailedforpackage'DESeq'
#removing'C:/Users/myname/Documents/R/win-library/3.5/ConvCalendar'
#InRCMDINSTALL
#Warningininstall.packages:
#installationofpackage'DESeq’hadnon-zeroexitstatus
剛開始筆者不斷在網站上搜索compilationfailed for package 'DESeq'的報錯原因，但是一直未能得到解決。準備放棄，打開王者榮耀時，我瞟了一眼'make'not found，因為隻是警告信息，筆者一直未注意到它，抱着死馬當活馬醫的心态又開始了網頁搜索，最終得出結論，是Rtools沒有安裝。
- Rtools的檢測與安裝
library(devtools)
#Loadingrequiredpackage:usethis
devtools::find_rtools()
[1]FALSE##返回值為FALSE則表示，Rtools未安裝。
2)Rtools安裝
##安裝依賴包
install.packages("installr")
install.packages("stringr")
##加載依賴包
library(stringr)
library(installr)
install.Rtools()
3)Rtools路徑設置
第一步，打開Rstudio，複制下面代碼，并運行：
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"',con="~/.Renviron")
#不用管代碼什麼意思，傻瓜運行就好。(這句代碼意思其實就是創建一個Renviron文件，指明Rtools主頁的路徑。)
#完成之後，重啟一下Rstudio。
#第二步，接着和第一步一樣，在Rstudio，複制下面代碼，并運行：
Sys.which("make")
#完成後，Rtools便自動配置完成路徑，傻瓜式操作。教程到了這裡問題就基本解決了，下面就來安裝DESeq和IMvigor210CoreBiologies包。
- 安裝DESeq和IMvigor210CoreBiologies
install.packages("IMvigor210CoreBiologies_1.0.0.tar.gz",repos=NULL)
代碼成功運行，沒有報錯。
再來加載一下。
library(IMvigor210CoreBiologies)#載入需要的程輯包：Biobase
#載入需要的程輯包：BiocGenerics
#載入需要的程輯包：parallel
#載入程輯包：'BiocGenerics’
#Thefollowingobjectsaremaskedfrom'package:parallel’:
#clusterApply,clusterApplyLB,clusterCall,clusterEvalQ,
#clusterExport,clusterMap,parApply,parCapply,parLapply,
#parLapplyLB,parRapply,parSapply,parSapplyLB
#Thefollowingobjectsaremaskedfrom'package:stats’:
#IQR,mad,sd,var,xtabs
#Thefollowingobjectsaremaskedfrom'package:base’:
#anyDuplicated,append,as.data.frame,basename,cbind,colnames,
#dirname,do.call,duplicated,eval,evalq,Filter,Find,get,grep,
#grepl,intersect,is.unsorted,lapply,Map,mapply,match,mget,
#order,paste,pmax,pmax.int,pmin,pmin.int,Position,rank,
#rbind,Reduce,rownames,sapply,setdiff,sort,table,tapply,
#union,unique,unsplit,which.max,which.min
#WelcometoBioconductor
#Vignettescontainintroductorymaterial;viewwith
#'browseVignettes()'.TociteBioconductor,see
#'citation("Biobase")',andforpackages'citation("pkgname")'.
完美!!!!!
最後有點小體會跟大家總結一下：有時候千萬不要忽略Warning信息，就一個包裝了好幾個小時，血的教訓呀。
https://blog.csdn.net/yangli2852/article/details/95635373
https://blog.csdn.net/weixin_40606698/article/details/104381315
https://zhuanlan.zhihu.com/p/346947595
文末友情推薦做教學我們是認真的，如果你對我們的馬拉松授課（直播一個月互動教學）有疑問，可以看完我們從2000多個提問互動交流裡面精選的200個問答！2021第二期_生信入門班_微信群答疑整理，以及2021第二期_數據挖掘班_微信群答疑筆記
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