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如何看懂文獻裡的那些圖(1)(免疫沉澱)

夏老師的書是通過金主爸爸送出去了好多,問了一下反饋,基本上是聽我夏季把講的文獻是看得懂,文章結構也能基本明白了,但要命的是居然好多人看不懂文獻裡的圖。

那真沒辦法了,夏老師隻能從頭開始,夏季把教你們看看文獻裡的圖片怎麼看了。首先要明确一下,所有的文獻,大概隻有兩種Figure(拿小本子可以先開始記筆記了哈!):

沒錯,文獻裡隻有兩種Figure,一種是黑白的,另一種是彩色的。

黑白的圖吧,一般都是些類似Excel做出來的柱狀圖啊,折線圖之類的。但關鍵的,還有黑白圖片是Western圖,這類圖也特别多。大概會表現成這樣:

嗯,沒錯,就是這樣黑黑的一坨。這個主要原理就是通過一抗二抗結合抗原後放大信号,黑色越深也就是蛋白越多。通過類似Image J之類的軟件進行灰度值分析,得出大概的表達量(也就是旁邊的柱狀圖,還真有不少人問:“夏老師,這柱狀圖數值是怎麼來的啊”)。

這種我估計你們一般都能看得懂,再比這個圖深入點的話,就是IP(免疫共沉澱)分析的:

當看到這樣的圖的時候,可能你會覺得還好,能看得懂。但也有人看不懂哈,我們就夏季把随便講講。首先IP是用來檢測蛋白的巨作的,就是差不多兩個蛋白要是巨作的話,就會像這樣結合到一起:

那用包被着A蛋白抗體的微球,抓住A蛋白後,同時也會把與之相結合的C蛋白順帶拉下來。B蛋白要是結合不是特别牢固的話,就拉不太下了。

通過離心沉澱下來後,洗掉沒沉澱的蛋白,用Western來檢測一下拉下來的蛋白中B蛋白和C蛋白的量,就能知道B蛋白和C蛋白與A蛋白之間的結合互作情況了。

一般的IP的圖裡,會有Input,這個就是指總的蛋白中的量。還會有個蛋白旁邊寫着IP,這個就是用來純化的蛋白抗體。另一邊的蛋白旁邊會寫着IB或者WB,這個一般是用來做Western的蛋白抗體。比如上面這個圖,就是在總蛋白中,用A蛋白抗體純化出來的蛋白,分别用B蛋白抗體和C蛋白抗體進行Western來檢測。

主要看的,就是A蛋白能結合的B蛋白和C蛋白的量。可以發現C蛋白和A蛋白結合力更強,B蛋白和A蛋白結合的并不好。

當然,還會有這樣的圖,會在IP的過程中,加入處理條件:

+号和-号,就是是否加入藥物(這裡也可以是siRNA、shRNA、XXX信号通路抑制劑、促進劑等等),然後看的主要是處理和未處理情況下,蛋白結合的差異。比如上面這個圖,顯示的就是,加入藥物處理後,B蛋白和A蛋白之間的結合明顯增強。

按照這個思路,是不是能看懂這樣的圖了呢?

好了,我是給你們夏季把講科研的夏老師,今天就先策到這裡吧,祝你們心明眼亮。

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